水稻种子萌发是水稻一生的开始，水稻种子萌发的过程包含两个阶段，一是浸种二是催芽的。
水稻种子萌发的两个阶段
水稻种子要萌发，必须具备两个基本条件：一是种子本身具有发芽能力；二是要有适宜的外界条件。
1.影响种子萌发的内在因素
水稻种萌发，就是胚芽和胚根突破谷壳开始生长的过程。胚的生命力是种子萌发的最关键的内在要素，胚乳是胚开始生长发育时所需养料的提供者，也是种子萌发的重要的内在要素。此外，胚的生命力和发芽的整齐度，与种子的成熟度、后熟度和寿命有着密切的关系。
那么什么事成熟度和后熟度呢？
种子成熟度：一般来说，稻种越成熟，发芽率越高，发芽越整齐；反之，未成熟的种子不仅发芽率较低，而且幼芽弱，幼苗发育也较差；种子之间的成熟度差异越大，发芽越不整齐。
种子后熟度：有些水稻种子的发育已经完成，但由于某些生理原因，在适宜的条件下，发芽率仍然很低，要经过一段时间的后熟作用才能发芽，也就是说有休眠现象。一般来说，后熟时间短的种子比后熟时间长的种子发芽更快且发芽率更高。
2.种子寿命。
种子的寿命与种子的发芽率相关。一般来说，种子寿命长的，其发芽率越高，发芽整齐度就越高；反之，发芽率就低。种子籽粒之间寿命差异大，发芽整齐度就越差。
另外，种子的发芽与种子的成熟度、贮藏条件和本身状态等因素有着密切关系，生产和贮藏种子的过程中，必须高度重视科学管理，方能确保种子质量。
影响种子萌发的外在因素
1.水分
稻种吸水是萌发的第一步，也就是说，浸种是促使种子吸收水分的第一个技术措施。干燥种子呈休眠状态，只有吸足水分后，种子内部的生理生化作用才能逐渐开始。种子吸水有三个方面的作用：
- 使种皮膨胀软化，有利于溶于水中的氧气随着水分透入稻种细胞内，增强胚和胚乳的呼吸作用；
- 充足的水分可使原生质从凝胶状态转变为溶胶状态，自由水增多，代谢加强，在一系列酶的作用下，胚乳贮藏的复杂的不溶物质，转化为简单的可溶性物质，供幼小器官生长利用；
- 水分也可促进可溶性物质输送到正在生长的幼芽和幼根中去，供给呼吸所需或者形成新细胞结构的有机物。
因此，适度充足的水分是水稻种子萌发的必要条件，把好适度浸种这一技术关，对杂交水稻的浸种尤其重要。
稻种萌发的吸水过程有三个阶段：第一阶段是急剧吸水的物理吸胀过程，在这一阶段，几乎吸收了种子萌动所需水分的一半以上；第二阶段是缓慢吸水的生物化学过程，本阶段初期需要一段时间进行酶的激活、物质转变和运输等一系列生化作用，吸收水分缓慢下来，但后期吸收水分又逐渐加强；第三阶段是大量吸水的新器官的生长过程，由于幼苗迅速生长，需水量增加，也就增加了对水的吸收。
稻种吸收水分的速度，首先与温度有关。温度低，吸水慢；温度高，吸水快。其次，种子吸水的快慢也与品种、组合有关。籼稻谷壳薄、米质疏松，吸水较快；粳稻谷壳厚、米质紧密，吸水较慢。杂交水稻的种子，往往有些组合的种子颖壳开裂，或者较薄，所以吸水速度比常规稻的种子快。再次，贮藏种子的水分含量与种子的吸水速度有关。干燥的种子，吸水较快；潮湿的种子，吸水较慢。
稻种浸透的标准是：谷壳颜色稍变深，胚部膨大突起，胚乳变软。水稻浸种的目的，就是使种子均匀地吸水，发芽整齐。浸种时间过短，吸水不足，往往发芽慢或形成“盲种”，不露白；反之，浸种时间过长，种内的可溶物质会渗透出来，又往往造成“滑种”现象。
2.氧气。
稻种萌发和生长是一个非常活跃的生命活动，需要充足的氧气。氧气在种子萌发时能保证能量转化、物质转化和形态转化的正常进行，是种子萌发必不可少的一个条件。它有三个方面的生理作用：一是促进呼吸作用，呼吸释放的能量供给各个生理过程的需要；二是保证淀粉酶的活性，促进酶的水解作用；三是有利于蛋白质的合成、细胞分裂和分化及新器官的形成。
催芽过程中较长时间缺氧，会导致无氧呼吸，结果造成生产上的不良后果：
- 无氧呼吸时，要得到同等量的能量，需消耗种子内的营养物质比有氧呼吸多27倍左右；
- 产生的酒精会毒害胚的生长，十分不利于种子发芽和培育壮秧；
- 在缺氧状态下，萌发的稻种只长芽不长根，或者发酒酸导致不长芽不长根等现象；
- 无氧呼吸在消耗同等量的葡萄糖时，它的能量利用率只有有氧呼吸的1/19，非常低。
3.温度。
种子萌发是一个生理生化的过程，是在一系列酶的参与下进行的，而酶的催化与温度有密切关系。在吸足水分后，还必须有适当的温度，稻种才能萌发，因为贮藏在胚乳中的营养物质，要通过各种酶的作用，才能分解为可溶性物质，供胚应用。
在一定温度范围内，温度升高，生化反应加快，分解物质就越多，这样就越有利于胚的生长发育；反之，萌发就越慢。根据实验，水稻种子发芽的最低温度是10℃～12℃，最适宜温度是28℃～32℃，最高温度是36℃～38℃，超过40℃时原生质流动停止，种芽易受伤变黑。温度低于10℃时，谷种不能萌发，时间一长，病菌侵入，就会烂种；温度在20℃左右时，谷种虽能萌发，但参差不齐，发芽时间长，不符合壮芽标准；当温度在35℃左右时，谷种萌发最为有利，胚芽、胚根突破谷壳快而整齐；但种子破胸露白后，如温度仍维持在35℃，则易使根、芽生长太快，瘦而不壮。所以，谷种破胸后，若逐渐降温至25℃左右，则根、芽生长速度减慢，长得茁壮。生产实践上，一般采取高温破胸，适温催芽、保湿催芽，摊凉练芽的技术措施。
- 高温破胸。破胸露白是催芽的第一阶段。早春气温较低，必须采用人工方法提高谷种的温度，在吸足水分的谷种入窝保温催芽前，用50℃温水淘种、洗种或淋谷种，随即保温，使种子保持在35℃左右，促使其加速呼吸与生理过程，这样胚细胞迅速分裂和伸长，谷种只需要10多个小时就能破胸露白，既迅速又整齐。谷种破胸露白后，就要逐渐降温，进入适温催芽的第二阶段。
- 适温催芽、保湿催芽。这个阶段的主要任务是让种子露白到齐根。谷种破胸露白之后，谷芽呼吸作用迅速加强，释放的热量使谷堆温度升高得很快，往往易造成高温烧芽。因此，在实际操作时，一方面要经常翻动谷堆，使之通气并逐渐降温到25℃左右；另一方面，适当淋30℃～35℃的温水，以补充必要的水分，促进胚根生长。这就是“干长根”的道理。齐根时，即胚根长到1～2粒谷长而胚芽鞘还未达到半粒谷长度时，要适当多淋些约25℃的温水，使谷种堆内水分较多，空气不易流通，约半天时间，芽就可以达到要求，这就是“湿长芽”。
- 摊凉炼芽。根芽按标准出齐后，应该摊凉炼芽。方法是将谷种摊开约1～2寸厚，炼芽半天，适度翻动并洒水保湿，防止过干缩芽，稍后即可播种。通过炼芽，一可防止把高温催芽的谷种立即播下到冷秧田里，种子的温度骤然剧变，对幼芽生长不利；二可使种内的生化反应或者说代谢下降而内炼，待播种后能较快适应田间环境，有利于幼芽生长发育。
