合法的杂交水稻种子是指：一是生产上使用的种子必须是经种子审定部门审定后公布的种子；二是种子使用的地区是种子审定部门所规定该种子推广种植的范围；三是杂交水稻种子必须包装销售，并依法注明种子的特征特性、栽培要点、购种说明和种子质量执行标准等；四是种子的生产者、经销商、代销商，必须是依法审批的许可者，种子使用者应该在合法经销商或代销商处依规定程序购买杂交水稻种子，以维护自己的合法权益。种子经销商或代销商若有违背上述原则或规定的，均属于违法经营，要追究法律责任。
合格的杂交水稻种子是指：按照杂交水稻种子质量标准GB4404.1—2008的规定，其种子纯度不低于96.0%，净度不低于98.0%，发芽率不低于80.0%，水分不高于13.0%。如果上述四个指标中有其中之一不达标，该种子即为不合格种子。
《种子法》第四十六条规定，下列种子为假种子：
（1）以非种子冒充种子或此种品种种子冒充他种品种种子的。
（2）种子种类、品种、产地与标签标注的内容不符的。
《种子法》第四十六条规定，下列种子为劣种子：
（1）质量低于国家规定的种用标准的。
（2）质量低于标签标注指标的。
（3）因变质不能作种子使用的。
（4）杂草种子的比率超过规定的。
（5）带有国家规定检疫对象的有害生物的。
农户购买杂交水稻种子时，应当慎重考虑如下几点：
（1）认真阅读种子标签的说明，对该组合适宜种植的范围、生育期、抗病性、耐寒性等要了解和熟悉，以作为选择和栽培的依据。
（2）根据自己所处地区的耕作条件和气候特点，选择生育期适中、抗病性强、耐寒性好的组合；早、晚两造配套的组合，最好不要使用同一种种子；充分利用当地光能，尽量采用中迟或迟熟组合，增加全年的总产量。
（3）认真检查种子谷粒，在干净、饱满、新鲜的基础上，还要细查谷种胚部有无裂缝痕、变色肿大的现象。一般情况下，谷色不新鲜、谷胚部有裂缝痕，剥开谷壳后见胚芽肿大变为褐色的种子，可初步判断该种子的发芽势较差，发芽率也相应较低；严重的在浸种催芽时会发酸、不长芽。
（4）切实保管好购种的发票凭证及该种子的包装袋，以便在发生种子发芽率低或种子纯度低等问题时，提供依据，维护自身权益。
杂交水稻种子质量问题的鉴定特点
杂交水稻种子质量问题包括两方面：一是种子的发芽率；二是种子的纯度。种子生产者和经销商对种子质量负法律责任。
一般情况下，种子使用者在购买种子时，即可发现种子的净度和含水量是否合格，但种子的发芽率则要在当造用种子发芽时方可验证；种子纯度质量问题，按规定是在当造的一个生产周期内的表现为准。所以，种子使用者必须依照时效规定，及时使用种子；当发现种子质量有问题时，种子使用者应持购种凭证，及时反映和追索，才能维护自己的合法权益。
种子发芽率低的质量问题，追索其原因，有如下主要几种情况：穗上已发芽或萌动过的；干燥种子时已焖过种或说已萌动过的；曝晒或烘干种子致死的；保管、贮藏条件不良造成种子霉变的；仓库内种子消毒致死的；种子贮藏时间过长，种子寿命下降至临界程度内等。
种子纯度低的质量问题，有四个方面的原因：一是父母亲本纯度不高；二是制种时未及时除杂去劣；三是制种时外来花粉漂移串花授粉；四是人为的机械混杂。田间表现与其原因相一致，例如，父母亲本纯度不高的，田间可查出不育系或保持系，或结实率低的稻株，或与杂交水稻不同的稻株，有高矮不一等现象；制种时未及时除杂的，田间也能查出不育株等与杂交水稻不同的稻株，影响产量；人为机械混杂的，田间表现为有不同类型的杂株，成熟不一或高矮不一，也影响产量。
